Частное общеобразовательное учреждение «Барнаульская классическая школа» является унитарной некоммерческой организацией, созданной в целях предоставления услуг в области образования. Управление Учреждением строится на принципах единоначалия и коллегиальности.

Единоличным исполнительным органом ЧОУ «Барнаульская классическая школа» является директор. К компетенции директора относятся вопросы осуществления руководства деятельностью ЧОУ «Барнаульская классическая школа» за исключением вопросов, отнесенных федеральными законами, законодательством Алтайского края к компетенции Учредителя и иных органов.

В Учреждении формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся:

• Общее собрание работников Учреждения
• Педагогический совет

Высшим коллегиальным органом управления Учреждения является Общее собрание работников Учреждения. Участниками Общего собрания являются все лица, находящиеся на оплачиваемой работе в ЧОУ «Барнаульская классическая школа», на основании заключенных с данными лицами трудовыми договорами

Педагогический совет является руководящим органом в Учреждении для рассмотрения основополагающих вопросов образовательного процесса.

В ЧОУ «Барнаульская классическая школа» структурных подразделений нет.

Организационно-управленческая структура МСШ

Методическая система школы представлена следующими  уровнями линейного соподчинения:

• Директор и Педагогический совет (стратегический уровень) – рассматривает и решает стратегические вопросы образовательного процесса школы.
• Методическая служба (тактический уровень) – профессиональный орган, осуществляющий руководство методической и инновационной деятельностью педагогического коллектива школы возглавляет, координирует и контролирует деятельность всех структурных единиц методической службы; формируется из администрации,  координаторов УММ и других педагогических работников, способных к творческой работе; руководит деятельностью методической службой школы заместитель директора по методической работе.

Структурные единицы методической службы (оперативный  уровень):

Учебно- методический модуль (УММ) - это коллективный орган школы, способствующий повышению профессиональной мотивации, методической культуры учителей и развитию их творческого потенциала.
УММ объединяет  педагогов не по предметным направлениям, а по интегрированному метапредметному принципу:

• Модуль «Начальный»  объединяет  деятельность педагогов дошкольного  и начального  основного образования;
• Модуль «Образовательный» объединяет педагогов  основного и среднего образования;
• Модуль «Воспитательный» объединяет педагогов, выполняющих функцию классных руководителей.